赫拉克利特的残篇虽然保留不多，但剩余的部分恰好可以组成一个饶有趣味的迷宫，以令后代人体会其深邃的哲学思想。从残篇中我们可知，其关于世界本源的看法显然早己不再是纯粹物质性的，而是一种持续不断的创造和毁灭相交替的过程，我们可以称之为火，物质的火就是对抽象逻各斯的一种可感受的比拟逻各斯是火的理性。既然世界的本源物发生了改变，那么观察的方法也要随之发生变换。赫拉克利特提出了一种新的观察世界的手段:直观与统一的方法。直观并不等于感官，这是赫拉克利特对米利都学派所做的超越;直观又不等于抛弃感官，这是赫拉克利特对智者派的启蒙。至此，赫拉克利特开始了由自然哲学时代向苏格拉底时代过渡的进程。
一、本源之火
对于米利都学派将水、阿派朗或者气当作世界的本原的做法，赫拉克利特感到十分的反感，他认为这是一种狭隘的观察方法，他们只是观察并说出他们所见的;这话并不是真实的，而[事实上]是:他们是不自觉地通过他们[有限和呆板]的概念直接改变着所见之物。而这个争论也就不是观察与绝对的概念之间的对立，而是偏狭的固定呆板的概念与绝对概念间的对立。所以，他心目的世界本源火有着截然不同的解释:既可以看作是一种物质性元素，又可以表示一种运动与生灭的规律。在古希腊，水、火、气、土正如中国的五行之说，被看作构成世界的基本元素。在赫拉克利特那里，火既是起源、始基也是万物生灭的归宿。然而，赫拉克利特的火与米利都学派提出的种种世界本源相比，又有它的特殊性:火还是一种过程。不论水、土、气，如何分解、运动、变化，它仍有它的物质属性并且可以独立存在;而火则永远需要依赖被点燃的物质，严格来说，火是一种现象而非物质。从直观上看，作为物质的水、土、气是可以静止的，但火却永远处于运动变化当中，停止燃烧的火不再是火。虽然个别的火是会熄灭的，但世界这团永恒的活火则一直燃烧着，从过去到现在再到将来。关于火是如何构造世界的，残篇里有看似自相矛盾的叙述:火经历土之死，空气经历火之死，水经历空气之死，土经历水之死(残篇76a);死亡之于土意味着变成水，之于水意味着变成空气，之于空气意味着变成火，诸如此类，循环往复(残篇76c)。也许残篇60的这句话解释了这个问题:上升和下降的是同一条路。也许正是因为火循着这同一条转化之路不停运动，才有了两种完全不同的顺序，一种顺序标示着上升，另一种则代表着下降。关于火转换的比例，赫拉克利特也做过规定:火的转变:首先，海;海的一半是土，另一半是燃烧物(残篇31a) ; 海从土中涌出，并以它转化为土(残篇31L)不过对于这两句话的解释则不一而足。虽然诸多解释对于火、空气、海、土地的比例划分不一样，但他们都承认，这四者既有一个相对稳定的比例，又一刻不息地按特定的比例互相转化着。赫拉克利特的世界里，变化与比例完美地统一着。最后，赫拉克利特的火是统治着一切，涵盖着一切，包容着一切的。事物的全部，赫拉克利特所说，是火的交换物，火又是所有事物的交换物，正如物品之于黄金，黄金之于物品 (残篇90)。
二、直观与统一的辩证方法
赫拉克利特的一个重要的科学方法是直观，它也可以被理解为感官和理性的有机统一。不同于前人，赫拉克利特并不赞成从感官出发来获取真知。庸众只拥有表象，只有领会逻各斯才能领悟到内在。如果人们拥有的不是善解的灵魂，眼睛和耳朵就只是无力的证明(残篇107)。这也造成了赫拉克利特并不那么重视细节，他随随便便地承认道太阳的广度为人脚之宽(残篇3);太阳不仅如同赫拉克利特所言，每天都是新的，而且会永远常新(残篇6) 。知不知道太阳的大小、新旧在赫拉克利特那里并不重要，还远不足以影响整个世界的真相。反正原本真理就是难于直接从现象中寻求的，只了解现象会一无所获，他们懵懂不解，即便听到事情真相时，也像聋子一样。正可谓在场时缺席 (残篇34)。因此，博学只是表象的累积，而与智慧远不等价，博学并不能教会一个人拥有智识，否则它早该教会了赫西俄德和毕达哥拉斯，或者因此教会了色诺芬尼和赫卡特奥斯(残篇40)，只有认识到那一般，那同一才能接触智慧。智慧只在于一件事情，即认识那善于驾驭一切的思想，赫拉克利特心目中的那驾驭一切的便是永恒的火。
火毫无疑问地统治着世界，霹雳统领万物(残篇64)所以单纯的没有涉及本质的人间复杂的现象流变本身既不牢固，也欠缺意义，对于神，一切事情都是公平、正义的，然而人类却假设有些事情是不公正的，其他事是公正的(残篇102)火同时毫无疑问地构成着世界，它充斥着、引领着、掌握着世界的生息变化，他称它需要和满足，(残篇65)。这种一般的本质性的因素，才是赫拉克利特真正关注的，隐蔽的关联比明显的关联更为牢固(残篇54)。
然而，需要注意的是，这样的一般并不排斥表象，而是与表象相结合的。因为当时希腊的风气正是倾向于从表象中直接推测出实质，所以赫拉克利特着重批判了这一倾向，人们当中最有名望者断定并且坚持那些仅仅似乎如此的事情(残篇28a);正义将惩罚谎言制造者，以及那些为之作证者(残篇28b)。任何作为视觉、听觉和体验的对象的事物我认为这些事物都处于较高的等级(残篇55)但他仍然继承了对听觉、视觉等感官知觉重视的传统事物聚集一处:完全者，非完全者;被聚拢，被分离;和谐，不和谐。万物生一，一生万物(残篇l0)万物和一是两个互相补足的方面，即是在表象和一般的互相补足中世界得以展现在我们面前。同时，赫拉克利特对希腊人沉迷于表象的批判的意义还延续到现在，许多人并不理解他们遇到的那类事物，他们甚至在经历过之后也不能认出它们尽管他们自己这么想(残篇17)那是赫拉克利特要求人们突破常识，寻求一般;而当今理性在人们的思维中所占的比例过大，理性与感官的地位颠倒了过来。根据赫拉克利特直观的看待问题的方式，既然理性取代常识了，那我们也该当突破理性了。这正与后现代性的要求不谋而合。
虽然感官时常被蒙蔽，但感官却并不是不重要的;虽然纯粹依靠感官无法获得真知，但取得真知还是要依靠感官的。在赫拉克利特的直观那里，不仅感官和理性相结合而且物质和精神是未完全区分的。作为世界的本质火，并不那么实在，它并不能算一种具体的彻底的物质，神是日与夜，冬与夏，战争与和平，饱足与饥谨，经历变化，其方式如同火混同了香料时，被呼应为相应于每一种香味的名字(残篇67)。火在这个多样化的世界中，它的本质与具体事物一一对应。赫拉克利特还认为思索和视觉密不可分、誓不可分，从没贬低过视觉的地位。正如佛家的定慧双修，道家的性命双修，中国古代常合在一起提及的精气神一样，精神和肉体在直观中不是脱离的。这样的直观，正是近代科学穿过科技高速发展的迷雾之后苦苦寻找的东西。思想绝不是我们同世界沟通的唯一途径，正如莫里斯梅洛庞蒂所提出的身体场思想那样，身体的物质的因素在我们与世界的关系中扮演着不可忽视的角色。而这样集合了心灵和身体的直观的人，是哲学的基础，也是科学的基础，舍勒的哲学人类学转向正是朝着这样的方向。这也是片面强调理性之后必然引起的思索和必然出现的转向。
赫拉克利特的另一个重要的思考方式是统一。他总是在接受流变的同时寻找着统一。有序化的世界，对所有人都是同一个，不由神或人造成，但它过去一直是、现在是、将来也是一团持续燃烧的活火，按比例燃烧，按比例熄灭(残篇30).这告诉我们世界不是绝对的有，也不是绝对的流变，它流变但保持比例不变，它持续但会熄灭。即世界的秩序包含有两种特性，对立面的谐和和物质在宇宙中连续变化所完成的周期巡回。如果只强调永恒会导出自以为是的科学，只看到流变则导不出科学。正确的方式是使接受纷繁和寻求统一共存，承认世界具有变化万端却又彼此相结合的秩序，时间是一个玩般子的儿童，儿童掌握着王权(残篇52)。
变化中的统一性是这种秩序的第一个方面，对于很多人来说，赫西俄德是他们的老师。他们确信他懂得很多事情他，这样一个总是看不出日与夜的人!因为日与夜乃是同一体。(残篇57 )赫拉克利特秉持着他一贯的风格，毫不留情地嘲笑那些看不出变化中统一，而把变化理解为单纯的变化的人。在人身上作用的生老病死也体现着这样的统一，还有，作为同一回事，我们之中存在着生与死、醒与睡、年轻与衰老。后者经过一轮变化成为前者，前者经过一轮变化，返回来再成为后者(残篇88)。这种统一有时还表现为结构性的统一，当他们踏入同一条河流，不同的水接着不同的水从其足上流过(残篇12) ,无论水如何流变，河仍然是那条河，就如同微观世界中的粒子即使不断做着高速不规则运动，宏观世界的物体仍稳定地存在着。上文提到过，这个有统一的秩序的世界是维持在一定比例之上的，这种比例看似静止、恒定，实则是变动不居的。物质的守恒并不影响原子的分分合合、能量的不断传递。
上文河流的比喻准确地代表了既保持结构性的特征和统一，同时又继续着不断和可以预见的内容变化，甚至可以说，没有河水的不断流变，就没有河的存在。可见，在赫拉克利特看来，统一之下的流变也不可或缺。所以，统一性中的变化是这种秩序的第二个方面。这就表明了他这种统一的秩序不同于毕达哥拉斯派所谓和谐的秩序。毕达哥拉斯学派的理论中，数字之间彼此契合，但哪些物体代表哪些数字则是被事先规定好了的，在代表相同数字的物体之间，有一种绝对的同一。而赫拉克利特所要求的统一，不是绝对的同一，而是视角的同一。折磨人的罪行在医生那里是善行，医生切割、烤炙那些病人，用各种方式狠狠折磨他们，又抱怨自己没有为此从病人那里得到应得的报酬(残篇58);污秽和清水对猪的和对人的意义大不一样猪喜欢污秽胜于清水(残篇13b) ;海水对人和对鱼的意义也是如此海水，他说，既纯净又污浊对于鱼来说可以喝而且赖以生存，对于人而言却无法饮用且毒性致命(残篇61) 。于是赫拉克利特说，反者必合，极致的和谐来自方向相悖之物，万物皆从争斗中出。(残篇8)。赫拉克利特承认对立面之间无穷尽的斗争，这样的争斗不仅存在而且注定存在，人们必须意识到战争是平常事，正义是斗争，一切事物都通过斗争而存在，并如此被注定(残篇80)。毁灭促成协调和平衡，毁灭至少和平衡一样重要。毕达哥拉斯式的和谐并不管用，据赫拉克利特看来，毕达哥拉斯是头号骗子(残篇81)。实际上，这样的斗争反而会比毕达哥拉斯式的和谐带来更多的多样性和自由。它启示人们，即使世界对于我们太大太玄妙太完美，我们也无须设想一些涵盖一切的完美的自然法则，不要用一个不会变动的标准切割世界。事物总是有很多面，不需要强求一律。显然，后来的科学发展之路没有参考赫拉克利特的教诲。人们用自己创造出来的法则试图驾驭、掌控大自然，终于屡屡碰壁。好在，科学己经开始反思，库恩提出科学发展是一个个范式不断地交叠，而范式与范式之间，并没有一个标准去衡量优劣，一切取决于人们的选择。大一统力至今没有找到，光的性质只能由波粒二象性来解释，人们开始实事求是，相信宇宙也许并非由完美的同一的规则指导。
视角性的统一，也就是统一的方法的意义远不止于科学内部，既然本原才是根本性的，万物的独立存在性就必须受到最为充分的质疑:万物处于快速的流变(无化)之中，没有人能够两次踏入同一条河流。而且由此很快就可以推导，们踏入又并非踏入同一条河流，我们是亦不是。(残篇49a) ，对立面的相互关联性要求科学、宗教不要总是妄图征服对方;现代性与后现代性纠缠而生也是正常的现象，需要用流变的灵活的方法去处理这样一个个问题，免得像赫拉克利特口中的大多数人们一样，他们和最持续关联的事物相分离(残篇72)。
最后，我们可以看到，赫拉克利特和基督教有一个有意思的联系，火，他说，突然降临，审判万物并为其定罪(残篇66)。以弗所的赫拉克利特因谁而发出预言?因游荡于夜间的巫师、酒神祭司、酒神崇拜者和新入会者。他用死后之事来威肋、的正是这些人;他为这些人预言了火。因为人类所接受的入会仪式，他们以一种不虔敬的方式来表现(残篇14) ,罗马时期的基督教无疑继承了他的这个思想，并把它发展成了末日审判那地狱烈火熊熊燃烧的可怕场景。但基督教习惯于将肉体和灵魂分开并贬低肉体的做法和赫拉克利特的直观思想格格不入。同时，赫拉克利特关于灵魂的看法饶有意味当人死时，等待他们的是从未期待甚或从未想象之事。(残篇27) 他认为灵魂并非直线通向死亡，而是参与一个循环，正如世界整体的不断循环一样，即使穿越每一条路，人也永远不能发现灵魂的边界它拥有的范围如此之深广(残篇40)。
三、结论
如果赞同怀特海的看法，认为西方两千年来的哲学都是柏拉图的注脚。那么赫拉克利特无疑是站在柏拉图身后的巨人之一。他的哲学不仅仅对柏拉图与亚里士多德师徒二人产生了巨大的影响，更是西方古典哲学形而上学的源头之一，列宁更是认为他是辩证法的奠基人，可以说赫拉克利特之于古希腊，犹如康德之于近代哲学。我们可以从他如迷宫般的残篇中发掘到无数的宝藏从各种意义上，称赫拉克利特为西方哲学第一人都并不为过。更重要的是，赫拉克利特的创见对于身处现代世界的思想迷雾中的我们具有独特意义。赫拉克利特反对纯粹依赖于现象，力图寻找现象背后的一般本质的思想引导人们打破愚昧的束缚，走出前现代性;而他强调那流变中的统一、视角性统一的思想又带领我们穿过现代性的迷雾，不让理性全然遮蔽了感官，阻止思想完全操控了身体，让我们重新真正栖身于这个复杂流变充满多样性的世界。
