一定意义上讲，神秘主义是了解德国古典哲学精神实质的一把重要钥匙。这一方面出自历史的原因，即德国哲学本就具有深远的神秘主义传统，德国式的思辨理性或辩证理性与中世纪以来的德国神秘主义传统有着密切的思想渊源关系。另一方面则在于，神秘主义使德国古典哲学获得了异于启蒙(甚至反启蒙)的一种思想形式与精神样态，在与理性主义的交错中拓展了德国古典哲学的理论张力空间。在德国哲学神秘主义的逻辑演进过程中，谢林是较有代表性的哲学家之一，也是理解德国古典哲学神秘主义性质的重要一环。神秘主义的思想因素始终贯穿于谢林的哲学体系之中，尤其是晚期的天启哲学，通常被认为完全就是神秘主义。
艺术直观是带有神秘主义性质的直接洞见
德国古典哲学通过先验哲学的视域构思知识论，即从先验立场出发为知识寻求第一原理和奠定绝对基础。在先验论证的思路下，谢林吸收既往的哲学成果，把知识建立于自我的基础之上，并通过理智直观来克服在康德和费希特那里作为先验性结构的自我与对象的固有对立。但也正是在直观级次的上升过程中，神秘主义的成分愈显浓重并最终将艺术直观神秘化为某种天才式的直接洞见。
知识的基础在于自我。所谓知识，就是自我与对象的统一，其基础在于客观东西与主观东西的一致。这种会合与同一，只有在自我意识的建构过程中才得以实现。正是在这个意义上，哲学的合理进程就是把全部哲学陈述为自我意识不断进展的历史。但谢林的自我，既不是康德式的先验自我与实践自我的二元自我，也不是费希特式的被非我所限制的有限自我，而是主观与客观无差别的绝对同一，即绝对自我。绝对自我才是知识得以可能的先天原则和条件。
自我在本质上是理智直观。要克服自我与对象的先验对立，自我就不能是一种静止状态的、现成化的实体，而只能是一种能动的活动，是(主体)通过直观自身把自己变为对象 (客体)的创造活动，也就是在思维中进行创造性直观，即理智直观。谢林指出，绝对同一是不能用描述的方法和概念来理解或言传的，而只能加以直观，但是，这种直观不是感性的，而是理智的;它不是以客观事物或主观事物为对象，而是以绝对同一体，以本身既不主观也不客观的东西为对象。自我成为知识的对象，但不是现成(外在对立)的，而是构成(内在统一)的，是自我意识的活动将自身建立为知识的对象，所以它在本质上是直观活动，即一种非中介性、非反思性的活动。直观的各个级次构成一个连续的序列，表现了自我意识不断进展的历史。但是，感性直观是接受性的，而是构造的，它不能表现为自己创造自身对象的过程，不能把握并非客体的绝对同一。又由于这种直观是一种知识活动，所以它不是感性直观，而只能是理智直观。由此，自我从本质上讲就是自己认识自己的一种持续不断的理智直观。
只有艺术直观才能认识和把握绝对同一。从自我直观的级次来看，艺术直观高于理智直观，是直观的直观。这是因为，理智直观是指向内部的，这种直观本身纯粹是内在的直观，它自己不能又变为客观的:它只有通过第二种直观才能变为客观的。而这第二种直观就是美感直观。哲学家通过这种能力只是观念地把握绝对，而且这是一条由下而上递进式的上升之路。与此相对，艺术直观则是指向外部的直观，是可以变为客观的，具有出现于每种意识中的普遍有效性，艺术家通过这种能力在经验中现实地把握绝对。更为本质的是，艺术直观处于直观的终极级次，在这里可以直接把握绝对从而省略了直观的一切进程性。在这个意义上，艺术是自我意识发展的最高阶段，是整个先验哲学的拱顶。
至此，谢林在构思知识论的过程中所表现出来的神秘主义倾向愈发明显。首先，从整体上看，这种知识论已经不同于康德意义上的理性的科学知识论，而更多地带有浪漫化的特征和诗意化的色彩。就本质而言，谢林的知识论是一种与理性主义传统下的反思性知识论相对立的直观性知识论。知识的基础既在于自我，而自我的绝对同一性最终在天才于产生艺术作品的带有神秘性的创作经验中得以确证，即自由与必然、精神与自然、理想与实在、主体与客体的无限和谐与直接同一。由此可见，知识的基础需要一种特殊的洞见，而发展对关于所有可能知识种类的这个来源的洞见将会成为一种不完全是哲学的活动，它需要沉思，甚至可能需要出神(ecstasies)。哲学证成一以说并鼓励这些导致可论证的或者可证明的结果的活动。这种类型的理论是新柏拉图主义的神秘主义，它需要哲学论证与随后的神秘实践之间的一种连续性，后者追寻哲学论证暗示的方向。
其次，艺术直观是只属于某些天才的神秘，具有个性、偶然性和不可确证性，终究是一种带有神秘性质的天才洞见。在谢林看来，哲学中的自我只有成为天才，才能真正成为主体，进而完成主体与客体相同的任务。对此，卢卡奇批评谢林的理智直观是非理性主义的最初表现形式，其中充满了荒唐的神秘性。卢卡奇认为谢林夸大了直觉的作用，把知识的获得归结于天才，于是在辩证法的实际领域的入口处所产生的、背离了辩证法的非理性主义，在谢林那里还产生了另一个对非理性主义的发展具有永恒意义的主题:认识论的贵族主义。显然对于大多数人来说，真理的获得既是神秘不可捉摸的，也是遥远不可企及的。
再次，直观本来是用以探明知识可能性的，但艺术直观并不能建立知识。艺术直观在提供客观性的同时是无意识的，是在无意识中达成的与有意识的和谐，对此，谢林认为这是启示、奇迹，可见，这种带有奇迹性质的无意识过程完全不符合知识建构的自然过程。此外，艺术直观作为艺术家把握绝对的官能，主要体现为想象力，甚至幻想就是艺术中的理智直观。把知识的构建奠基于幻想，更是神秘主义的解释。
最后，绝对同一只是被直接洞见到，与洞见的直接性相对应的是，绝对同一的性质难以被说明，而只能从否定方面定义为无差别、无区别，也就是某种带有神秘性质的混沌状态。谢林坦言，绝对同一般是完全不能称谓的，因为它是绝对单纯的东西，也决不能有取诸理智的东西或自由的东西的称谓，因此，它也决不会是知识的对象，而只能是行动中永远假定的、即信仰的对象。它从.开始就带有浓厚的宗教色彩，甚至只能作为信仰的对象而以启示的方式被直接把握。因此，绝对同一表现为一种虚无缥缈而神秘的东西，它是神秘的、拒绝解释的，被黑格尔讥为黑夜里的黑牛。这就为神秘主义打开了一扇门，铺就了理性思维向神秘主义转化的通道，把符合当作绝对静止的无差别的等同，也就失去了认识和理解的手段和可能性，而不得不依赖某种神秘的直接体验和静观子晤，依赖于那只有主观心知，而无外在确证的个人天才和灵感了。历史是上帝在逐步启示中证明自己存在的神秘过程
谢林在完成知识的同一性建构后，转入对实践领域的考察。实践哲学的主要问题是自由与必然相统一的问题，对这一问题的处理，谢林仍然以自我为对象，并把二者的统一演变为历史哲学的建构，也就是变成绝对进行启示的历史。在这个意义上，谢林在德国唯心主义中第一次把历史提升为先验哲学的主题。然而，正是在对历史的建构中，谢林诉诸上帝的启示，从而赋予历史以神秘主义的意义。
首先，谢林基于自由与必然的统一来建构历史。历史既是自由的任性是历史的女神，每个人都出于自由意志而行动，并把主观的个性自由和目标外化为客观的现实;历史也是必然的完全没有规律的事物或一系列无目标、无计划的事件同样不配称为历史，每个人的任性活动并不导致偶然事件的堆积，而是从结果上与历史规律保持一致，也就是说，历史作为自由意志的实现史，在人类自由表演的过程中自然而然地合于隐蔽的必然性。人发挥自由能动性的所有行动都发生在历史之中，同时也与历史必然性结合在一起。
其次，自由与必然之间并不存在彼此产生和归结的关系，二者的统一是两个序列的一种预定和谐，从而保证其相互包容地共在与契合。这种预定和谐既不能出于客观的东西，也不能出于主观的东西，正如莱布尼茨的形而上学所昭示的那样，现实世界中的和谐之充足理由要到彼岸世界寻找根据，因此预定和谐只有借助于某种更高的东西才是可能的，这就是上帝，作为最终本原的绝对，它是自由中包含的规律性与客观事物的规律性中包含的自由的根据。上帝才是历史背后的操控者、导演者与安排者，自己并不出场，而是让演员人类社会的成员出场。每个演员都出于自由而有意识地进行创造活动，这种有意行为产生的结果是无意识的，是出乎自由之外的，但这一无意识的结果恰恰也是历史的一个客观效果，是合乎必然的。通过这种二位一体的过程，人们实现了本己的真实自由，更实现了上帝的真正意图。
最后，上帝作为预定和谐的绝对根据，逐步将自己的内在展示或显露出来，在自由与必然的和谐运动中启示自己，并把这一启示过程历史化，也就是与现实历史达成合一(同步)。绝对展示自己的过程分为三个时期，由此历史也分为三个发展阶段。整个历史都是绝对不断启示、逐渐表露的过程。上帝是不断地把自己启示出来的。人通过自己的历史，不断地做出上帝存在的证明，而这种证明也只能由全部历史来完成。第一阶段可以概括为命运时期，对应现实中的古罗马之前的历史时期。在这一时期，上帝化身为隐蔽的命运，其特点是自目性、冷酷无情、无意识、隐蔽性。第二个阶段可以概括为自然时期，对应现实中的以罗马帝国为起点一直到当时还在继续(即现在)的历史时期。在这一阶段，上帝是自然规律的代名词，其特点是显明性、机械性，但仍然不是上帝的完满显露。第三个时期是未来时期，也可以称为奇迹时代。只有到达这一阶段，上帝才显现为天意，也就是最完善的展示，作为精神、也作为现实的行动而显现自身。由于克服了异化形式，上帝才复归其本真意义上的存在。当然，这一最高阶段还没有对应的现实形态，只能被预见为一种趋向，即社会历史发展的将来时。
谢林的历史观中隐含着神秘性，主要体现在两个方面:
其一，把历史归结为绝对不断启示的神秘过程。历史的演变就是上帝启示自身的过程，人在这一过程中只不过是扮演各自角色的演员，在历史规律中所能觉察和确认的也只是天意，而且人类通过自身行动而创造的历史也只不过是在为上帝存在作证明，这实际上等于消解了历史合理建构的原因和目的。上帝通过历史的展开来启示自身，历史通过上帝的启示而获得实证性和现实性，这一过程所出现的一切，都是天意和命运，这就取消了对历史辩证运动的理性认知与逻辑把握。更为重要的是，谢林继承了神秘主义思想家雅各波墨的观点，把上帝分成三个原则:第一，无区别时期这是神性的最原始的基础和最原始的浑沌无别的阶段;第二，进入根基与存在相区分的阶段;第三，区别性相同和相协调的阶段。这正好对应于历史的三个时期。也就是说，现实历史的发展完全符合于上帝的三个原则，是对这三个原则的具体展开和演绎。由此，人类历史进程就被谢林神秘化为从上帝到上帝的过程，完成了一个封闭的自我循环。
其二，历史展开所根据的上帝，不是康德式理性宗教观的上帝，既不是形而上学的先验设定，也不是理性推论的结果，而是彻底的宗教的上帝，是基督教三位一体的上帝。也就是说，谢林确立上帝，不是西方哲学传统中把上帝仅仅作为逻辑起点或道德需要而设定的，不是形而上学的上帝，而是作为最高的存在而确定的信仰的上帝。在这个意义上，谢林正是通过对上帝的神秘性注入来冲破西方哲学传统对上帝的理性化禁锢。实际上，上帝在西方哲学传统中是非肉身的，其本质是精神，否则什么也不是。谢林则反对这一传统，现实的东西必定也存在于上帝之内，这在谢林那里就包含了一种充满激情的重音。谢林确信，《旧约》的上帝是火和激情，但在基督教思想中，这个上帝就被亚里士多德纯粹思辨的、冰冷的神排挤掉了。因而，对于谢林来说，最为关切的事情就是要证明，上帝必定既是光明也是黑暗，既是理智也是意志，既是爱也是威严，等等用我们时代的话来说，即unman fascinosum annulment tremendous(既是令人心醉神迷的上帝又是令人不寒而栗的上帝);既是光明和思想的力，同时也是激情的力。这样的上帝只能是理智不可认识而只能当作信仰的对象。由此，这就对历史以及实践理性的本源做出了非理性的解释。历史在这样一个有人格的、有意志的上帝的启示下展开，自然是理性无法说明的，只能随着上帝一同神秘起来。
当然，谢林于1804年发表了《哲学与宗教》，这成为其哲学主题向宗教神学迁移的标志，也正是在从先验唯心主义向天启神学的过渡中，谢林哲学神秘主义的思维成分与精神风格愈发明显。可以认为，在晚期著作中，谢林诉诸神秘的天启与信仰，致力于神话哲学和启示哲学，更加明显地走上神秘主义之路。
