我国民办高校的发展起步于上世纪八十年代。经过了三十多的发展，已初具规模。根据中国统计数据显示，2006-2008年，全国民办高校从278所增至318所， 以下就是民办高校财务管理存在问题。
《民办教育促进法》的颁布，使我国民办高校在逐渐宽松的政策与社会环境中，得到了良好的发展。随着办学规模的不断扩大，民办高校的财务管理工作不再局限于简单的会计核算和信息提供，而是提出了更高的要求;因为民办高校的财务管理是高校管理工作中一个重要的组成部分，管理机制不健全，工作混乱，势必影响学校正常的运转。曾经被认为是国民办教育的航母的南洋教育集团，在2005年因各分校的教育储备金无法兑现，使得其属下部分分校停办，随后南洋集团又因各种财务问题无法及时得到解决，这个曾在2004年获得中国民办教育最佳品牌的南洋教育集团最后以倒闭告终。所以深入研究民办高校财务管理的问题，从理念、目标到手段方法等各方面进行科学化、规范化是维护民办高等教育持续健康发展刻不容缓的课题。
民办高校财务管理主要包括了筹集经费、组织财务活动、财务核算与财务监督三大部分工作。民办高校的资金实行自筹，其财务即不纳入举办单位的财务管理，又不纳入审批部门的财务管理。民办高校的经费来源主要有学生的学费收入、学生住宿费收入、捐赠收入、其他收入以及国家少量经费拨款项目。学校经费主要来源以学费为主。学校独立核算、自负盈亏。其财务管理的权利、责任、义务统一由学校负责。民办高校是公益性事业，不以营利为目的。在资金的使用方面是以量入为出，略有节余的原则。加强财管管理的监督，控制不必要或者不合理的经费开支，杜绝乱开支、乱挥霍的现象。实行有效经营，产生良好的校本收益，学校才能做到积累资金，不断投入、学校办学才会进入良性循环。
民办高校多由企业或个人投资创办，部分办学的投资者在对办学方向以及教育事业的公益性原则的认识上存在着偏差，将办学作为个人或组织营利的一种方式，注重经济效益，往往忽视了社会效益。在学校一些经济问题、经济决策等重要问题上，往往是会出现出资人说了算的现象。学校财务缺乏自主权，涉及重要的经济决策时，财务部门参与度不高。此外财务的工作人员大部时间从事记账、算账和报账的日常会计核算工作，财务管理在工作所占的比例偏小，以报账型为主的财务工作模式已经不再适应快速发展的民办高校财务管理的要求，这也是与市场经济发展的要求不相适应。
