在宣大总督未定设之时，若派遣户部堂官去宣大总督军务，如成化二十年户部尚书余子俊总督宣大、弘治十年户部右侍郎刘大夏整饬宣大兵粮、弘治十三年户部左侍郎许进提督宣大等，皆不需要再派遣户部官员总督军铜。但是若派遣兵部或其他堂官总督军务，往往需要派遣户部督铜官员。弘治十七年，朝廷派遣都御史史琳提督宣大之时，内阁拟差户部右侍郎顾佐前去总督军铜，但是皇帝以顾佐才力不及不允，内阁称:户部尚书秦绒行取尚未至，左侍郎王俨可用，但见署印，故臣等拟差右侍郎。最后，皇帝称派遣的堂官不必拘定户部，才派遣的左副都御史阎仲宇。可见，一般情况下，总督军铜大臣一般是从户部堂官中挑选。因此，在未定设之时，宣大总督是否兼理粮铜不一定，而在定设之后，宣大总督一般则兼理粮铜。总督对于三镇钱粮事务，主要起提纲掣领的作用，即决定钱粮的大政方针，对于三镇具体钱粮事务，宣大总督一般不过问，而是由三镇巡抚经理。如宣大总督魏云中上奏所称:总督衙门遂云节制三镇，凡一切兵马钱粮皆在三镇抚臣，职衙门原不经管。
而关涉到三镇的利益，宣大总督会尽力向朝廷争取，这是因为在边镇的粮铜结构中，户部所发的京运年例银占据不小的比重，但是京运年例银主要用来给士兵发铜，其他的修边、买马、制造火器等项费用，要靠地方督抚向朝廷争取。这种现象类似于组织社会学中所说的软预算约束，即下级政府有着突破己有预算限制、实现规模与权力扩张的冲动，且通过游说上级部门以图获得预算外资源。对于宣大总督来说，额定的京运、民运等项钱粮并不能满足边镇建设的需要，欲有所作为，修筑边墙、多买马匹、多造枪炮，便需要突破这些额定钱粮的限制，想方设法地获取额外的钱粮，而边镇又计无所出，不得不向朝廷争取，朝廷的钱粮大部分由户部执掌，总督便时常与户部发生争执。崇祯四年，宣大总督张宗衡因买马、制造火器所用银两，便与户部发生冲突。
皇帝对户部的做法提出批评，但是也没有支持张宗衡的主张，募造所用银两仍然算作了边镇的年例。由此可见，朝廷对地方总督争取钱粮的行为，限制得较为严格，总督的行动能力不能不因此受到一定限制。但是对于三镇的钱粮使用政策，宣大总督有较大的发言权，其意见往往成为决定性的政策。宣大总督负责经理的主要是督标铜银和操赏、抚赏等银两，而督标铜银大致由三镇从京运年例银中转发，后虽由户部直发，但所扣仍为三镇之年例，直至练兵运动兴起，督标整练所用之练铜才为总督独立之铜银。据保存至今的崇祯十四年档案记载，户部奏请确立标铜的奏销之法，宣大总督张福臻称:新收自崇祯十三年四月初一日起，至本年六月终比，收过正项练铜银四万五千两，可知督标整练所用为独立之练铜，与三镇粮铜无关。总督所用操赏银两由三镇提供，抚赏银两也是由三镇协济，具体经理者为总督中军与抚夷将领，崇祯年间总督不再过问此项银两，归并到三镇，由三镇抚臣负责。总之，从粮铜方而来看，宣大总督相较于三镇，在相当长的时期内，未成为完全独立的利益实体，也就是说，总督所用的铜银未成为户部独立核算的单元，这种状况，对于总督职能的履行会有不利影响。
承平之时，这种影响显现不出，到有事之时，总督需要各种铜银，便万难措手，不可能不影响总督的军事计划。崇祯九年，宣大总督卢象升整练督标，其中骑兵占较大比重，但是缺少马匹，卢象升称:各镇皆有年例买马银两，而臣标独无匹疏，缺少的马匹根本无力买补。据笔者的考察，卢象升的标兵营在其战死之日，尚缺不少的马匹，这不会不影响到总督的军事行动。崇祯十二年，宣大总督陈新甲整练督标，马匹、枪炮、盔甲、弓矢无不缺乏，请乞皇上特发监马三百匹净光灭虏炮七十位、三眼枪一千四百杆盔甲三千顶副弓矢各五千副，而皇帝的圣旨很简洁:器甲自办，屡旨甚明，行兵科抄出宣大总。马匹让兵部议处，兵部请发，皇帝就绝口不提了，而总督又能怎么办呢?这种状况，说白了就是，总督直接支配的粮铜非常有限，对于边镇的建设，常常心有余而力不足，妨碍了总督军事职责的履行。至于督铜侍郎的设立，主要目的是催促民运，其他状况，仍待进一步研究。
