罗尔纲涉足太平天国史的研究，在南京一手创办了南京太平天国博物馆，当正式任命他为馆长时，他却坚辞不就，宁愿接受范文澜所长之聘，到近代史所做一名普通的研究员。罗尔纲深受恩师胡适“大胆的假设，小心的求证”治学态度和方法的浸染，认真执着，一丝不苟。
许多学者都认为太平天国确有“德王”洪大全其人，且与洪秀全并称“万岁”。罗尔纲力驳此说，详证其非，最终史料证明他的判断是正确的。当《天朝田亩制度》的原本发现后，众多学界论者以为太平天国实行了平分土地等一系列规定，罗尔纲却冷静地考证资料，得出结论，即太平天国治辖区前期只实行了“轻徭薄赋”，后期采取了“着佃交粮”的政策，并没有分田地给农民。
罗尔纲为了发掘太平天国史料，花了10年的时间，寒暑无间地将南京图书馆70多万册文史藏书逐次翻阅，使许多被蛛网尘封的、极有价值的太平天国史料，得以重见光明。他作《李秀成自述原稿注》，先后40载，他自己也慨叹说：“从青春注释到白了头。”罗尔纲85岁时将《太平天国史》杀青，经历了60个春秋，88卷154万言，开创著史新体裁，融合了叙论、纪年、表、志、传5种体裁。该书出版后广受关注，被誉为新中国太平天国研究的总结性成果，获首届郭沫若中国历史学奖一等奖。他成为太平天国研究领域当之无愧的一代宗师。
