东南亚是宗教的“万花筒”。之所以这样讲，首先是世界上主要的宗教在东南亚都有分布，并且存在着独特的上座部佛教文化圈和在全球有很大影响力的伊斯兰教文化圈。东南亚既拥有世界上总量最多的佛教信徒，也拥有伊斯兰教信众最多的国家印度尼西亚。其次是本土宗教很发达，万物有灵等传统宗教无处不在，并且和外来宗教相融合，越南的高台教、和好教也有自己鲜明的特色。第三是东南亚的每个国家都是多元宗教国家。可以说，宗教是我们认识当代东南亚政治、经济、外交和社会文化形态的敲门砖。
东南亚与印度和中国这两大文明古国接壤，自然最容易受这两个大国文化的影响。相比而言，印度宗教对东南亚的影响要比中国宗教的影响更大。最早进入东南亚的印度宗教是婆罗门教，随后是佛教以及对婆罗门教进行改革后形成的印度教。在公元11世纪中叶之前，东南亚绝大部分地区都是婆罗门教、佛教（包括大乘佛教、上座部佛教以及密教）和印度教三种宗教的混合信仰，只是不同国家在不同时期，其中一种宗教可能略占上风。著名的柬埔寨吴哥窟、印尼的婆罗浮屠等文化遗迹就是多种宗教的综合体。到了今天，虽然婆罗门教早已不复存在，但其教义和仪轨的影响仍在很多地方可以见到。印度教也不只是在印尼巴厘岛占主导地位，在缅甸、新加坡、马来西亚等国的印度裔居民中也较盛行。印度的锡克教在泰国、菲律宾的部分地区也有存在，耆那教则在泰国、马来西亚、新加坡保有影响。
古代中国对东南亚的宗教影响主要集中在今天的越南。由于越南北部在历史上、特别是公元十世纪中叶之前与中国有特殊的联系，以及越南的语言、文字、官制等长期以来与中国一致，中国儒释道在当地的影响一直很大。郑和下西洋期间，因他是穆斯林，给部分东南亚国家带去了中国范式的伊斯兰教。近代以来，随着进入东南亚的华人华侨不断增多，中国人信仰的大乘佛教、道教乃至妈祖信仰在东南亚地区的影响不断扩大，不过这些宗教的影响力主要在华人圈内，并且呈下降趋势，不少华人已改信基督新教或天主教。
佛教在公元前就传入了东南亚，而且大乘佛教、上座部佛教和密教在东南亚都有分布，但最初的影响力不如婆罗门教、印度教。从公元11世纪中叶开始，上座部佛教在中南半岛的影响力越来越大。一方面缅甸、泰国、老挝等历史上统一王国的出现需要新的宗教意识形态，上座部佛教成为这几个古国的首选。另一方面，13世纪吴哥王朝的衰败使得上座部佛教从西面乘虚而入。公元14世纪左右，东南亚上座部佛教文化圈基本形成，当时的缅、泰、老、柬古国都成了主要信奉上座部佛教的国家，并且延续至今。当然，如果说存在一个“上座部佛教文化圈”的话，那还可以包括今天的斯里兰卡和中国云南省的西双版纳、德宏等地。
伊斯兰教在公元七世纪左右就开始传入东南亚，但真正意义上的大规模传入是在13世纪以后，当时印度和阿拉伯地区的穆斯林商人为了追逐香料，纷纷来到苏门答腊的港口，于是伊斯兰教从西向东横扫东南亚，所到之处几乎全被伊斯兰教化。但即便如此，东南亚的伊斯兰教化也仅限于海岛地区。当伊斯兰教到达棉兰老岛时，菲律宾的多数地区已经天主教化，伊斯兰教的向东传播就此打住。而中南半岛在13世纪的时候已基本佛教化，加之中南半岛不在当时国际贸易的主航道上，所以伊斯兰教在东南亚大陆地区的影响相对较小。当然，由于人口的自然流动，且穆斯林又特别善于经商，所以除了印尼、马来西亚、文莱三个以信仰伊斯兰教为主的国家之外，其他东南亚国家也或多或少都有穆斯林的存在。此外，东南亚华人中也有少部分穆斯林。
除此之外，随着社会经济的发展，基督新教和天主教在越南、泰国、缅甸、新加坡、柬埔寨、马来西亚、印尼的影响也在扩大，信徒有所增加。
虽然目前东南亚各国的宗教信仰大都是从其他国家传输过来的，但东南亚各国在外来宗教传播之前并非文化沙漠，当地民众普遍信仰原始拜物教，相信万物有灵，并存在祖先崇拜、生殖崇拜。其实，佛教、伊斯兰教、天主教等宗教离开了其诞生地，就必然发生改变，与当地的社会文化融合后，才变得更有生命力。所以综观东南亚的宗教，既有东南亚的佛教化、伊斯兰教化、天主教化，也有佛教、伊斯兰教、天主教的东南亚化。比如，缅甸的神灵信仰就与佛教信仰很好地结合起来，多数缅甸民众既拜佛，也拜神灵。东南亚人民还发挥聪明才智，在外来宗教的基础上创立新的宗教，像越南的高台教（全称“三期普渡大道”）就是把儒释道和天主教的部分内容融合在一起，和好教则是以佛教为基础，融合了越南的祖先崇拜和爱国主义传统。
