由于此次审计调查不同于常规的工程项目审计，因此审计人员在审计过程中采取了新的审计思路与方法。
1．集体决策，制定详细方案。
在进行审计调查前，首先确定本次审计调查的主题，审计组各成员每人都围绕审计主题制定一个审计方案，所有方案汇总后召开审计组成员会议，进行集体讨论，最终确定出最优的审计方案。调查内容着重围绕二滩公司内部因素、电力市场因素和电力体制因素三方面进行。对二滩公司的审计调查主要从公司资本结构和成本核算办法的合理性与科学性两个方面进行；电力市场因素的调查主要包括电力需求与供给的现状及趋势，电源结构，城乡电网建设与改造情况；电价对市场供求的影响等方面；电力体制因素的调查主要包括电力行业管理体制，电价制定及调整机制，以及电力行业垄断性的利弊分析等。
2．广泛深入调查，取得详尽的数据资料。首先深入实地取得第一手资料，如我们在对该水电站亏损原因进行审计调查时，在审计调查的范围上，不仅局限于该水电站，而是将两省电力公司也作为一个审计调查的整体进行综合调查。审计人员走访了两省电力公司的计规部、市场部、财务部、电力调度局、发电部门以及电力环保部等数十个职能部门，发放审计调查表格二十多份，收集数据近1000个。其次就是通过查阅书刊杂志获得间接资料，如审计调查审计人员查阅了近年来的《中国电力年鉴》、《四川电力年鉴》，同时还阅读了大量的权威人士和学者发表的文章。
3．运用科学方法，分析问题原因。
（2）利用趋势分析法分别对该省近年来的电力市场需求和供给趋势进行了分析，发现电力需求增长速度逐年趋缓，如 1996年为6．4％，1999年为3．4％；而随着大量电厂的相继投产，电力供给增长速度则大幅度提高；另外，由于电力市场历年来“重发轻输”，输变电网投资开发度不足，城乡电网建设跟不上第三产业用电和居民生活用电的增长，造成供电“卡脖子”的现象，也制约了电力市场有效需求的扩大。
（3）运用比较分析法对两省的电源结构进行了分析，发现电源结构不合理，综合效益差的小火电比重较大，且两省电网水火互补的效应得不到有效发挥。一个省电网水电比重较大，占65％；另一省电网火电比重较大，占75％，且本地电力供给不足。两省的电力结构原本具有天然的互补性，可是由于电网的分割，造成电力资源不能有效流动和优化配置，一个省的水电站在大量弃水的同时，另一省电网的火电站则还在超负荷运转。
（4）运用宏观经济理论，对现行电力管理体制中存在的种种弊端进行了深入剖析。目前电力企业运营中行政干预过多，“省为实体”的管理体制带来的是地方保护主义，更多的导致省间的电网断面，限制了电力资源的有效配置。由于电力行业的垄断性，使得电力公司缺少开拓市场、增供促销的市场竞争意识，缺乏追求成本最小化和利润最大化的动力。同时，目前电价的制定是政府审批制，而非根据市场供需关系确定。电价形成没有统一的市场标准，建设单位没有控制工程造价的动力，由此形成的电价不能正确反映发电企业的管理水平和经营效益，造成上网电价不断攀升，并通过均摊加价等收费项目转移到销售电价中，使得销售电价同步上涨。发电企业过高的成本和投资风险最终由用户或消费者来承担，从而抑制了对电量的社会需求。另一方面，上网电价偏高使资本过多地配置到发电环节，使电源发展快于电网发展，导致输电瓶颈和配电网络的不足，出现电力过剩和用不上电并存的状况。
4．群策群力，提出对策过议。
为了能够针对存在的问题提出切实可行的建议，审计人员多次请教专家咨询，并查阅大量图书资料，学习和借鉴国际上先进的电力行业管理经验与做法，层层剖析，提出对策建议。就二滩公司内部而言，应当增加资本金的投入，适当延长折旧年限，并合理调整各类固定资产的折旧率。就电力体制改革而言，打破“省为实体”的壁垒，同时打破垄断，加快发、输、配相分离的改革，将传统垂直一体化经营的电力公司按功能性分割成发电、输电、配电三个独立的部门，以避免垂直整台造成的发、输、配电系统存在的不合理的垄断现象。形成多家自由竞争的发电公司、一家负责供电业务的输电公司和多家区域性相对竞争的配电公司的市场格局。调整现有电源结构，对现有的发电企业进行重组。就积极开拓市场方面而言，一要努力降低电价；二要加快城乡电网改造，促进商业和居民用电增长；三要制定优惠政策，挖掘大中型工业企业的市场潜力；四要积极推进“西电外送”，从长远的角度，应大力促进西南电网尽快和西北电网联网，针对两网水文特性和丰枯季节的不同，利用黄河上游水电站的库容，实现跨流域调节，不仅可取得良好的联网效益，也可部分解决黄河断流的问题。
通过开展工程项目绩效审计，我们感到：工程项目审计不能简单地局限于财务收支情况的真实性审计，而是应当逐步向审计领域的高层次审计一绩效审计迈进。评价一个工程项目的标准取决于工程项目的质量以及工程项目的未来效益，工程质量是关键，项目效益（包括经济效益和社会效益）则是工程建设的根本目的。审计不仅要确保国家投资的安全性，还要促进国家投资的效益性，为国家宏观经济发展提供可靠的决策依据。在绩效审计的方法上，可综合运用多种方法开展绩效审计。将工程技术方法与财务分析和市场调研方法有机的结合起来，从宏观经济发展的角度对问题进行深入的研究。
