闽台儒学关系始于明郑时期儒学的经闽人台。从儒学思想体系传播的历史轨迹看，福建儒学是台湾儒学的本源台湾亦闽学之台湾也。福建儒学是中国传统儒学传人福建后，经由历代福建儒学知识分子的传承与发展而形成的带有鲜明的理论特性的儒学体系。福建儒学以朱熹的学说(即朱子学或称闽学)为主要代表，李赞、黄道周等人在不同的向度上拓展了福建儒学的面宽。福建儒学中侧重各异的思想价值取向，在东传人台的历史时段里产生了不同的影响，显现出闽台儒学亲缘关系的多种表现面貌。
一、福建儒学与明郑儒学价值观念的生成
从理论体系性和代表性的层面上看，福建儒学成型于宋代。北宋时期，周敦颐、程颖、程颐、张载等儒学大师在北方创立了镰、洛、关等理学学说流派，丰富了儒学的思想体系。随着中国经济文化重心在宋代的南移，北宋诸儒的学说也在南方得到了传承和发展，其巅峰就是朱熹的学说。朱熹师承于福建南平人李侗，承袭了程颖、程颐兄弟的洛学，又博采众家之长，在融汇北宋以来理学学说的基础上吸取了佛、道思辨哲学理论的养分，其理论思辨色彩浓厚，代表了理学发展的巅峰水准。由于朱熹出生于福建，其学说与学派形成于福建，主要的门生弟子也都是福建人，因此，朱熹的学说也被称为闽学考亭学派或朱子学。朱熹的学说以正心诚意为核心，以格物致知为前提，以修身为根本，以复性为归宿，以治国平天下为目的，将儒家仁义礼+钾 ;信的五德和君臣父子夫妇的三伦上升为固有的天理，对宋后的社会观念和思想道德产生了巨大影响。在朱熹之外，福建儒学的重要代表人物还有明代的李赞和黄道周。李赞貌似叛逆，实则向往传统儒学的价值世界。黄道周在学说上力主调和程朱与陆王，在倾向于程朱之学的立场上，希望以陆九渊的学术思想救朱熹之弊，又用朱熹的学术思想补陆九渊之不足。同时，黄道周也极为重视传统儒家思想中经世致用的观念，并在明末王朝覆亡的历史风云中践行着自己爱国为民的儒家理想。
二、闽台抗清斗争与明郑儒学经世致用的实践取向
价值观念及其实践，构成了传统哲学中知与行的互动关系。明儒善辩、好攻汗、热于立言，在节操上持论特严，明朝灭亡之际士人巨量的死亡被视为一种忠义之盛。崇祯自杀既是明亡之际以死殉节风潮的开端，也被认为是一位非亡国之君的君主以身作则颁布的道德命令。秉持忠孝节义的明末士大夫们，大多以方式不同的死为结局，有所谓死社程 死封疆城亡与亡有死无贰吾此心安者死耳以死为道等诸多表现。以死明志的价值取向不可避免地趋于极端化，尽管有儒家知识分子如陈确者将节义与生存或生命的态度相联系，但舍生取义似乎已经成为士大夫们的不二之选不能死节者除了要面对巨大的道德压力和身份歧视之外，也面临着现实的风险。新主可能随时变更允诺，即便是朝不保夕的南明弘光政权，也有命封疆失事诸臣不分存段，俱着法司分别议罪之举。一虽然明末士大夫殉节的方式并不完全相同，但抱定舍生取义的必死之心是其最大的共同点，无论是否承认明柞气数已尽，这批士大夫都已然意识到抗清之于个人命运的终结性。尽管在儒家价值立场上与明末死节的士人保持了高度的同一性，但郑成功集团主导的闽台抗清斗争却代表了另一个意义向度上的实践取向，即以经世致用之思想经营反清复明之大业。郑成功不仅将儒家的春秋节义作为抗清的伦理依据，也将儒家奋发经世的担当精神作为社会建设与文明培育的精神动力，从而包含了更多积极的因素，与一心求死殉节的士大夫相比，这是一个从考虑怎么死到考虑如何生的重大转变。
三、以闽为本:明郑儒学的制度化移植
明郑儒学经世致用的实践取向，属于制度儒家化范畴。明郑在台的执政措施具有鲜明的儒家王道色彩，在政府的行政建制和管理机构的设置方面，都完全遵照儒家的皇权意识形态标准。郑成功改称台湾为东都，设承天府天兴县万年县，用儒家五常仁、义、礼、种、信为军队编制名称。郑经除改东都为东宁、升天兴万年二县为州之外，还照搬明朝六部制设立吏、户、礼、兵、刑、工六官，一些地名如文贤里仁和里仁德里等更是儒家思想观念的直接反映。在另一个层面上，明郑政权的儒家制度化也在展开，即以台湾以闽为本的儒家制度化移植。
