在秦朝建立专制主义中央集权政治体制的过程中，一批儒生引用儒家经典评议时政，认为应该依据古制实行分封制，不应推广郡县制，秦始皇疑心儒生传播不利于自己的言论，于是进行了“焚书坑儒”。“焚书坑儒”是对先秦文化的粗暴否定，文化成为政治的附庸，儒学受到打击进入低潮。秦朝的严苛刑法和暴政以及秦末大规模的战争导致社会生产力遭到极大破坏，据《史记》记载，刘邦做了皇帝后出行时竟然凑不齐四匹颜色一样的马车，萧丞相出门时也只能用牛车，百姓更是穷困不已。同时，刘邦也鉴于农民战争中农民的伟大力量，在汉初推崇老子的“无为而治”，与民休息。道家的思想在汉初甚为流行，对汉初国力的恢复起到了重要作用。到汉武帝时期，国家实力相当雄厚，有条件加强中央集权。而道家的“无为而治”无法解决王国问题、社会土地兼并、商贾膨胀、边境不宁等问题。强盛的西汉需要一种新的统治思想来维护封建统治，儒家思想逐渐被统治者确立为正统思想。
董仲舒吸收了道家、法家和阴阳家的思想，改造儒学。汉朝经过改造后的儒学增加了“天人感应”“君权神授”“罢黜百家，独尊儒术”“三纲五常”“大一统”思想等。“天人感应”学说认为统治者的行为、政策顺应天意，上天就会降下祥瑞表示嘉奖，反之，统治者的行为、政策违背天意，上天就会降下灾异表示谴责和惩罚。意图用天意来约束君主任意妄为，抑制暴政，鼓励统治者采取限田、薄赋、省役等的措施，实行仁政。“天人感应”给封建王权加上了一层天意的神圣色彩，其消极影响极为深远，而儒学也开始朝着迷信的方向发展。“君权神授”神化王权，为专制君权披上了神圣外衣，为君主专制奠定了理论基础。“大一统”思想符合政治的“大一统”，政治的“大一统”要求思想界要统一，为此董仲舒建议“罢黜百家，独尊儒术”，确立儒学独尊的地位。
董仲舒把五行之说歪曲附会在君臣、父子、夫妻的关系上，把人间的尊卑贵贱的等级关系强加于阴阳，形成“三纲”：君为臣纲、夫为妻纲、父为子纲。其实质是强化家族的宗法统治和封建君权，把孝和忠绝对化。先秦时期也有一些思想强调孝和忠，但还有“父慈子孝”“君惠臣忠”的提法，君父与臣子之间义务是相互对等的。董仲舒的“三纲”思想把臣子的义务绝对化，君父对臣子不承担任何道德的责任。他还进一步把仁、义、礼、智、信强加于五行，即“五常”。汉朝改造后的儒学理论神化了王权，强调等级，符合封建专制主义中央集权政治的需要，汉武帝采取了重用儒生、设置太学、表彰六经等措施，儒学的地位由此开始提升，儒家思想逐渐被统治者确立为正统思想。汉武帝不依靠政治暴力手段，而是用舆论诱导和利益驱使来推动思想统一进程。以儒学垄断教育，进而影响仕途。设置以培养官僚后备力量为主要办学目的的太学作为全国最高学府，以儒家经典为教学内容，只需熟读儒家经典就可换来功名利禄，民众当然趋之若鹜。儒家的伦理道德被奉为全社会必须共同遵守的行为准则，一旦有人背离，就会受到全社会的谴责和制裁，这种诱导力所形成的约束力，深刻地影响到人们的思想和行为。
尊儒兴学，把教育、考试和选官结合起来，是汉武帝的创造，儒家思想逐渐渗透到社会各方面，造就了中国传统文化的基本形式。封建政治与儒学思想密切结合起来，初步形成了儒家政治的历史传统。独尊儒术本质上是一种封建专制主义文化政策。汉武帝运用皇权干预学术思想，独尊儒术措施的实施结束了各派学术思想平等竞争的局面，扼制了思想自由，有明显的消极作用。易中天在谈到自己的作品《先秦诸子百家争鸣》时说：“我以儒家为线索贯穿这本书的始终，这里并没有尊孔之意，更没想过要独尊儒术，这本书最后的结论反而是要反对‘独尊一家’。”这从另一个角度也说明各种思想的碰撞交流有利于文化的发展。
