清朝后期，从道光二十年至宣统三年 ( 公元 1840 年至公元 1911年 )，历时 71 年时间。其间清朝政府逐渐走上了崩溃灭亡之路。尤其在 1840 年第一次鸦片战争后，西方列强以坚船利炮打开了中国的大门，中国逐渐沦为半殖民地半封建社会。与此同时，西方的先进技术也开始传入中国，给沉睡多年的中国以强烈的震撼。随后，中国社会发生了深刻的变化。这一时期，清朝军队也发生了一系列变革，如效法西方军制，更新武器装备，筹建新军和北洋海军等等，实现了由冷兵器向热兵器的转换。随之，军民融合的思想与实践活动也呈现出一些新的做法，主要体现在军队的编制建设、国防工业生产及管理等方面。
一、在国家政权与军队体制建设中强调军民一体
古代兵家一向认为，练武德和息民生这两条，是军队的根本，强调民者，兵之命，认为军队遇到敌人会奋勇地进攻而遇到群众则会想方设法护卫，这样的军队就将无敌于天下。一个明智的将领，必须视军民为一体，联兵勇为一气。这样，军就不敢扰民，民就不敢仇勇，所谓任封疆者，当知民本吾民，用兵数少，何如用民数多。这一观念在晚清也同样得到体现。清统治者在入关前建立的八旗兵制，就是一种兵民合一、军政合一的原始部落式的组织体制，是清朝的基本武装力量，随清朝统治 200 多年，这一制度的建立则体现着当时军民融合的朴素理念。八旗是旗人军事、行政、社会合一的组织，以军事为主。它有满洲、蒙古、汉军三类，每类各分为八大单位，以八色旗帜 ( 正红、正黄、正兰、正白、镶红、镶黄、镶兰、镶白 ) 互相区分。对八旗采取的是一种特殊供养政策，即按年发给军响 ( 白银、粮草 )，并在京城附近 500 里范围内圈地，把居民赶走或变为奴仆、佃户，而将大量田地划归八旗所有。八旗官兵名义上自耕自食，养活其家属，并自备马、甲，世代义务从军 ( 兵役世袭制 )，实际上已成为特殊的地主贵族阶级。他们的子弟并不劳动生产，而是靠军饷和剥削家奴、佃农生活。当他们入不敷出时，就靠借债度日。债务积久无力偿还时，就向皇帝救求以拨款偿债。康熙时，先后两次拨发库银代偿八旗债务，第一次拨给640余万两，第二次拨给655万两。八旗军每家获赏数百金，未置寸产，徒糜衣食，一二载荡然无余。雍正初，屡赏兵丁一月钱粮，每次30 余万，亦不逾旬而罄。这样一支由国家供养的世袭为兵的特殊军队，随着时间的推移，人口不断增殖，由清初顺治时规定的 8 万甲，到康熙时增加到了 12 万甲，到乾隆初年已达数十万，加上其家属则数目更多。
总之，八旗是兵农合一的组织，八旗的成员出则为兵，入则为民，耕战二者，未偿偏废。八旗制不单纯是军事制度，也不单纯是户籍制度，它是包括军、政、财、经等各个方面职能的根本制度。如努尔哈赤还设立了 8 大臣和 40 名判官事。争执、诉讼、奖惩臣民，先由判官、大臣审听，转达诸贝勒。每 5 日，努尔哈赤召集诸贝勒、大臣于衙门，议处国政，审判诉讼。这种制度本身就具有浓厚的军民融合色彩，是当时国家政权的特殊组织形式。
二、在建立军事工业体系过程中注重学习世界先进民用技术
面对西方随时可能的入侵以及清王朝军事力量的虚弱，洋务派把制船造炮作为御侮图强的第一步。马克思于 1857 年 9 月 25 日在致恩格斯的信中曾写道 : 一般说来，军队在经济的发展中起着重要的作用。例如，薪金最初就完全是在古代的军队中发展起来的。同样，罗马人的 peculium castrense( 军 营 里 的财产 ) 是承认非家长的动产的第一种法律形式。fabri( 作业队或军事工匠 ) 公会是行会制度的开端。大规模运用机器也是在军队里首先开始的。甚至金属的特殊价值和它作为货币的用途，看来最初 ( 格林石器时代以后 ) 也是以它在军事上的作用为基础的。部门内部的分工也是在军队里首先实行的。此外，军队的历史非常明显地概括了市民社会的全部历史。军队的强弱关系到一个国家、民族和社会的命运。战争的重要性和迫切性，使每个国家、民族都将它的最精、最优的人力、物力用于军队，改善军队的组织，研制最先进的武器。一项创造发明只要有利于军队战斗力的提高，必定会最先用于军队。向西方学习，有利于中国缩短中西之间在生产力上的差距。如在枪炮制造上，中国原来是手工生产，英国等西方国家是机器生产，两者的技术设备差距在 100 年以上。而洋务军事工业建立后，由于引进西方技术与设备，这一差距迅速缩小。以制炮为例，江南制造局建立后不久即造出口径 8英寸、重量 180 磅、钢管熟铁箍的阿式后膛炮以及全钢的后膛炮，比西欧只落后 24 年;在制枪后面，同治六年 (1967 年 ) 江南制造局仿造成前膛来复线枪， 比西方只晚 37年。光绪十年 (1884 年 ) 仿造美国林明敦式后膛中针枪，比西欧只晚20 年。光绪十九年 (1893 年 ) 造成每分钟 2225 发的快利型枪，比西方晚 13 年。光绪十六年 (1980 年 )西方已用上准确轻便的小口径步枪，江南制造总局于光绪二十四年 (1989年)也仿造成功，比西方只晚了8年。这些先进的武器陆续装备清政府的陆海军队，在一定程度上起到了抵御外国侵略与平息内乱的作用。但由于洋务国防现代化脱离社会物质、经济基础，虽李鸿章等洋务大吏倾注心力，洋务军事工业还是未能取得西方那样的效果。恩格斯曾经深入剖析战争成败幕后的经济因素，指出，暴力的胜利是以武器的生产为基础。武器的生产又以整个生产为基础，因而是以经济力量，以经济情况，以暴力所拥有的物质资料为基础。辛亥革命后，严复回忆上一世纪80 年代曾与总税务司赫德谈言，赫告予曰 :海军之于人国，譬犹树之有花，必其根干支条，坚实繁茂，而与风日水土有相得之宜，而后花见焉;由花而实，树之年寿亦以弥长。今之贵国海军，其不满于吾子之意者众矣。然必当于根本求之，徒苛于海军，未见其益也。赫德之言，既是对洋务大吏优先发展军事工业的尖锐批评，也是对国防与经济建设协调发展的很好注解。
三、在军工实践中强调借鉴先进民用管理技术及商业运作方法
晚清时期，近代兵工技术经济在洋务运动推动下获得很快发展，虽然传统管理方式在清朝固有的政治框架下鲜有变革，但也意识到从地方学习先进管理方法。如经过长期的实践和摸索，各制造厂局在生产管理上开始仿效西方企业，制订了相应的规章制度，建立了成本核算制度，对各主要工种的定额和主要产品的成本做出计算和规定。如在主要工种定额方面，制枪工程的各机床工程表，把车床工程分成机槽、线牌、板机及机管四类，每类在按机床顺序规定每工应完成的工作量等方面都做了具体规定。在主要产品的成本方面，也有较详细的计算，如 1880 年以后列有专项各处解存修造轮船军火价，1884 年起新增加了各省解还奉调军火价，款数一般达 1 万两左右。这些都说明，江南制造局修造轮船及调拨军火在某种程度上是计算成本和价格的，呈现出若干企业化倾向。尽管兵工厂局初步建立了成本核算等制度，但作为官办军工企业，在生产经营管理上仍保持着自身的一些特点，如资金来源，无论是开办经费、追加的扩建费用，还是作为周转资金的经常性费用，基本上是清政府从税收中拨付，既不依靠私人投资，也不依靠生产经营收入。主要产品由朝廷直接调拨作军事消费，不供应市场等等。
第二次鸦片战争后，曾国藩、李鸿章在上海创办了江南机器制造总局即江南造船厂的前身。1876年，江南制造局制造了第一艘小型铁甲兵轮金瓯号。但由于当时对枪炮需求较大而经费却紧缺，清政府决定保证经费用于制造枪炮，船坞只修船不造船，因此，自 1876 年至1895 年的 20 年间江南制造局的造船活动完全停止了。1905 年，两江总督周馥视察江南船坞后，上奏朝廷，建议将船坞单独分出，按商业方法运营管理，随后 1905 年局坞分开，制造枪械军火的兵工部分对外仍称江南制造局，船坞部分改名为江南船坞，进入商业化运营，由海军部门管辖，船坞的经常费用由经营收入解决，政府不再拨款。到 1911 年，江南船坞不仅提前还清了局坞分立时向江安粮道借的 20 万两白银开办费，而且年营业收入还达到 10 多万银元，彻底改变了长期依靠政府拨款的局面。自 1906 年船坞独立到1912 年，共造船 130 船，平均每年18.6艘，造船吨位和马力越来越大，质量日益提高。1912 年生产的 4 千余吨的钢质轮船，仅1年时间就成船，在当时具有相当高的生产效率。由于采用商业经营方法，一年多之后，就获盈余 9.6 万两。随后，江南船坞不仅大量承修中外船舶，还开始为晚清海军批量建造舰船，成为马尾船政局衰败后新的造船中心。
