一、和谐的科学内涵
(一)讲和谐，就要讲差异
差异是前提，没有差异，就无所谓和。差异包括相别和相反，《汉书艺文志》说相反而皆相成也。根据现代科学，事物的发展离不开差异。相同物质也可结合，但相比之下，结合方式相当有限。例如碳原子和别种元素结合，几乎有无限的可能性:但是和自己结合，可能性就屈指可数。
(二)讲和谐，不能停留在差异，必须更进一步，讲结合
然而孔子讲君子和而不同，不同是前提，和是最终的目标。不和有两种:无差异而结合、有差异而不结合。各自极端的例子是同志和丁克。同志即同性恋，也是一种结合，但是双方没有差丁克含有差异，但是结合不彻底。如果人类都是同志和丁克，人类就无法延续。又如清朝末期，统治者自以为地大物博，人口众多国力强盛，采取了闭关锁国的政策，不与外界进行交往沟通，结果差点导致了亡国的悲剧《中庸》说中也者，天下之大本也:和也者，天下之达道也。中庸所体现的就是把各种个性和极端综合起来。正如《国语郑语》所言:和实生物，同则不继若以同裨同，尽乃弃矣。
(三)和谐是一种求同存异、相互兼容、和平共处、共同发展的理想状态
根据要素之间平等与否，结合分为两种:兼并与兼容。兼并是强势的一方消灭或压迫弱势的另一方而结合，结果是强势的一方更强势，弱势的一方逐步走向消亡，这是人们所不希望看到的异化交往所带来的局面。兼容则相反，它不破坏各方的独立和自由、生存和发展。兼容的本质是结合与差异并重:在差异的基础上实现结合，又在结合的基础上保留和发展差异，结果是兼容双方的共同的发展壮大。因此，从系统论的角度来讲，和谐则是构成系统的各个要素之间求同存异、相互兼容、和平共处、共同发展所达到的一种理想状态。
(四)和谐哲学是一种辩证法
和谐是中国传统文化的精髓，也是马克思主义辩证法的本质体现。简而言之，和谐哲学就是辩证法。首先，二者都是关于发展的哲学。其次，基本内容相同。马克思主义辩证法可以简单地概括为对立统一的学说，这一表述和孔子的和而不同有异曲同工之妙，对立就是不同，统一就是和，对立统一就是不同而和。
二、和谐的三个层面
如果把人类生活的物质世界看成一个整体，从系统论的角度而言，这个整体由多个要素构成，有客观的自然界、人与人交往所形成的社会以及人的精神、意识等概念符号领域等等。因此，整个人类世界的和谐可以根据不同要素交往所形成三个不同层面的和谐，即人与自然交往所形成的生态和谐，人与人交往所形成的社会和谐，人的思想意识交往所形成的概念和谐。生态和谐、社会和谐、概念和谐三个层面相互联系、相互依赖，共同促进整个人类世界达到和谐的状态。
(一)生态和谐
自然界是人类社会存续的前提和基础，处理好人与自然的关系，达到生态和谐，是社会和谐的客观条件。人和大自然共处于地球生物圈之中，人类得以繁衍、生存和发展，必须要依靠大自然。人与动物不同，不仅仅从现有的自然条件中进行索取，人的主观能动性以及人的需要和欲望不断驱使人去改造大自然，为我所用。因此人与自然的关系表现为两个方面:一方面人类的活动对大自然的影响，另一方面大自然对人类的影响和反作用。生态和谐则表现为人与自然在交往和相互作用的过程中，相互促进，共融共生，协调发展的和谐状态。在我国的传统文化中就饱含着丰富的天人合一的生态和谐思想，如《易经》其主旨是一阴一阳之谓道(系辞上)，象辞道则是天地交，而万物通也。
(二)社会和谐
人类在生产实践和相互交往的过程中，结成了人类社会，和谐从古至今一直是人们所追求的价值理念和理想的生活状态。儒家思想的精髓和为贵，长期以来影响一代代中华儿女对和谐价值的追求，孔子、孟子、洪秀全、康有为等人所设想的大同社会都反映了广大人民对和谐社会的向往。社会和谐则是指人与人在生产实践、相互交往的过程中所结成的各种各样的社会关系，如社会经济关系、政治关系、文化关系以及人际关系等都达到一种和谐的状态，使每个人的需要得到最大的满足，每个人的能量得到最大的发挥，每个人都得到自由而全面的发展。
(三)概念和谐
和谐之于和谐社会，是理想的社会模式，又是先进的思维方式。理论来源于实践，随着实践的发展而发展:理论又反作用于实践，为实践的发展作指导。因此概念作为人类表达物质世界的工具，概念和谐来源于人类社会和谐思想的发展和实践应用之中，概念和谐在一定程度上又深刻影响着社会和谐，决定其广度和深度。概念和谐，即把相互独立甚至相互对立的概念结合起来《共产党宣言》提出两个决裂，好像马克思只讲对立，但是马克思在《政治经济学批判序言》提出两个决不会，指出新的生产关系以及它产生的物质条件都是和旧社会紧密联系的。这无疑为概念和谐提供了范例。恩格斯进一步提出，真理和谬误、善和恶、同一和差别、必然和偶然之间的对立只有相对的意义为概念和谐提供了理论依据。
三、中国共产党领导集体的和谐思想
(一)毛泽东和谐思想
早在中央红军结束长征不久，毛泽东提出要把工农共和国改变为人民共和国，人民就是工农加上民族资产阶级。所谓人民，就是对政治差异的包容。他还提出民族统一战线所谓统一战线，就是在坚持阶级斗争的前提下，对阶级斗争的限制。抗日战争的最终胜利，新民主主义社会的建立，可见统一战线的作用，而统一战线所体现的就是不同。毛泽东说:敢于斗争，善于妥协。
(二)邓小平和谐思想
邓小平对毛泽东的和谐思想进行了发扬和创新。首先是恢复了人民的包容性。邓小平提出知识分子是工人阶级的一部分，极大地壮大了工人阶级的队伍。允许一部分人靠诚实劳动和合法经营先富起来，出现了一大批社会主义的建设者。其次是社会建设方面，提出先富和共富:物质和精神文明两手都要抓，两手都要硬:多种所有制是公有制的有益补充等等。再次是调整对外关系，提出和平发展是时代的主题，实行对外开放。在国家统一的问题上，提出和平统一，一国两制的方针。
(三)科学发展观
科学发展观是在党的十六届三中全会上提出的，在党的十七大写入党章，党的十八大确立为党和国家长期坚持的指导思想。科学发展观体现了工具理性和人文诉求的结合。不论科学还是人文，共同的目标是发展。邓小平说发展是硬道理，科学发展观的实质就是在新形势下对什么是发展?如何发展?的科学回答。而科学发展观的要求全面协调可持续发展，本身就是和谐思维。全面推进现代化建设中各个环节、各个区域、各个层面、各种关系协调发展，最终实现人与人、人与社会、人与自然以及人自身的和谐发展。
(四)主位一体总布局
党的十六大以来，党对社会和谐的认识不断深化，逐步明确了构建社会主义和谐社会对中国特色社会主义事业发展的重要性。党的十八大提出了五位一体总体布局。这五个方面都是构建社会主义和谐社会的支柱。社会建设是社会和谐最直接的手段，但社会建设绝不等于和谐社会的构建，只是五个方面之一，经济和谐、政治和谐、文化和谐、生态和谐更为根本和基础五位一体是一个有机整体。其中经济是基础、政治是方向、文化是国家的软实力，又可以提升个人的精神境界，社会建设是条件、而生态文明建设则是客观环境要素。这五个方面缺一不可，相辅相成，协调发展，才能形成和谐社会的良好局面。
