在企业管理控制制度中，全面预算管理和内部控制是两个不可分割的部分。然而，在现实工作中，由于企业管理者孤立地考虑内部控制与全面预算管理的设计和实施，忽视了从整体层面把握内部控制与全面预算管理的协同，未做出有效的制度安排和进行有效的实施控制，内部控制不严，导致了预算流于形式甚至引发一些严重的经济问题。
一、全面预算管理与内部控制之间的协同关系
(一)目标相关性。为了实现企业整体目标，减少个人机会主义行为选择的空间，内部控制制度的设计和实施就成为一种必然的选择，以提高企业经营管理中的透明度，增强对代理人行为的监督。在企业的管理实践中，只有通过全面预算才能明确投资者与经理人、其他员工等各个利益方应负有的责任和享有的权益，提供一个评价考核的依据。
(二)利益相关性。通过全面预算的利益、权力制衡手段，健全和完善内部控制系统，明确股东、经理人、债权人、员工等各个利益方应负有的责任和享有的权益，并为绩效管理体系提供科学合理地评价考核依据，才是解决所有者和经营者利益分配的有效途径。
(三)互动性。预算管理，特别是全面预算管理是一种整合性管理系统，具有全面控制的能力，它不仅是上下级之间的权利、责任安排和利益赢取机制，还体现出机构之间的制衡安排。内部控制的发展引起了预算管理中责、权、利的重新配置。只有当两者责权利的配置相一致时，才能相互促进，产生协同效应。
二、全面预算管理与内部控制协同中存在的问题
(一)对全面预算管理与内部控制的认识不全面。董事会和经理人把它们看成是简单的管理制度，自以为有了健全的制度，内部控制与全面预算管理就能达到预期的目标。设计出健全的制度并不等于就一定能有效地被执行，设计与执行是两个不同的方面，制度的执行往往未被重视。
(二)公司治理结构不合理，导致主体缺位。在我国的上市公司中，董事会实际上很大程度地被掌握在执行董事手中，执行董事属于经理层。在这样的经营环境下，来自所有者和董事会对经理人的监督控制作用大大弱化。公司治理结构不健全，致使经理人成为实施内部控制与全面预算管理的主体，常常造成所谓的内部人控制，内部控制与全面预算管理成为经理人实现其个人目标的手段而已。
(三)逆向选择和道德风险导致内部控制失效。在现代公司制中，所有者与经理人之间产生了委托代理关系，信息不对称、剩余索取权和剩余控制权的配置不对称等问题的存在，以及经理人通过隐藏行动而不完全承担其行为的全部后果，致使经理人有动机利用自己拥有的信息优势，从事高风险高个人收益的活动或其它损害委托人利益的活动。在这样的组织环境下，如果缺少有效的监督制约机制，内部控制与全面预算管理也只能被经理人玩乎于股掌之中，成为经理人实现其个人目标的工具。
三、实现全面预算管理与内部控制协同的对策
在现代公司中，设计健全的全面预算管理制度和内部控制是一种必然的选择。综合运用全面预算和内部控制，将会加强企业基础管理工作，提升企业管理水平，增强风险防范能力，帮助企业实现战略目标，有利于企业的长远发展。目前，在公司制企业中，存在以下几个实现全面预算管理和内部控制协同这一目标的可能突破点：
(一)健全公司治理结构。良好的公司治理环境是有效实施全面预算管理和内部控制的前提。公司治理环境的好坏直接影响到内部控制的建立和实施，规范合理的公司治理是内部控制有效的环境基础。全面预算管理由若干个密切联系的环节组成，在环环相扣的各部分都需要公司治理结构中的内部牵制，公司治理也是全面预算管理的环境基础。通过强化董事会建设、做实监事会权力、明确管理层权责等方式，建立完善的公司治理结构，从控制环境和监督、激励、约束机制强化内控机制和预算管理机制，为二者之间协同效应的发挥奠定基础。
(二)营造良好的控制文化。控制文化属于企业文化的一个子文化，体现于观念文化、组织文化及制度文化之中，具体表现为企业精神、管理理念、授权控制、管理制度等之上。优良的控制文化为全面预算管理与内部控制协同提供了有利的环境基础。
(三)加强执行力度，落实奖惩机制。健全的制度不等于能够有效地被执行。控制和监督活动的设置和奖惩机制能否被有效地实施是全面预算管理与内部控制能取得好成效的一个关键。在现代企业中，将所有业务活动分离出授权、批准、执行、记录及监督等职能，并将这些职能分别授权于不同的部门执行，形成一个相互牵制、相互制约的管理机制。另外奖惩制度的落实关系到激励与约束机制的有效性，关系到能否提高实施全面预算管理与内部控制的激励效果。
(四)健全预算管理和内控的融合管理体系。一方面，现代企业制度下，内部控制已成为企业经营管理的重要手段，贯穿企业经营管理的全过程。通过寻求合理战略目标，企业有效配置人力、资金、知识和技能，建立健全内部控制体系，有效防范企业经营风险，实现企业的战略目标。全面预算的有效实施借助于已有的内部控制体系，即有效的控制环境、健全的控制活动、合理的业绩评价体系、完善的外部监督、约束机制和激励机制等是全面预算编制、执行和考核的基础和保障。另一方面，全面预算为了实现企业战略和预算目标，通过预算实施过程将企业的各项管理工作联系起来，起到了规划预测、管理控制、沟通协调、考核激励的重要作用，优化了资源配置，提高了资金使用效率，完善了企业内部控制，提高了企业经济效益。因此，在经济环境在不断地发展变化的情况下，公司不断地探索内部控制与全面预算管理新方法和新机制。随着内部控制体系和全面预算管理制度不断地改进和完善，两者之间的协同就有了更好的技术条件和制度保障。
