生物学是一门理论与实际结合非常紧密的学科，在教学过程中教师很容易将课堂知识与自己身边的现象或事实联系起来，在教学过程中，很多学生也能够把这些现象或事实与理论联系起来，教师完全可以将这种理论联系实际的机会留给学生。这就要求教师在教学过程中重视学生个体价值的实现，而合作学习就是将机会留给学生，让学生在小组讨论中充分体现自己，并通过小组的成绩将自己的价值体现出来。
合作学习的基本单位是小组，老师在分组时选择同桌或前后排，这样简单易行，不同层次的学生进行优化组合、优势互补、相互促进。常见的现象是：合作学习小组只要发言总是那么一两个人，所有问题他们都抢着回答，不给别人机会，一学期下来，导致很多学生形成依赖性，不愿去思考，出现两极分化现象。
在合作学习过程中，要做到分工合理，首先，教师在教学设计中要关注每一位学生的知识水平和能力倾向，尽可能让所有学生都有能力参与。其次，为了避免学生的被动性，教师应在教学过程中给予学生更多的关心和鼓励，尽量发现这些学生的长处，并加以表扬，使其建立自信。
自主合作学习一般模式，呈现任务，指导任务，指导自学，指导讨论，指导表达，布置练习，讨论与记录，复述与精炼。
在课堂上，常常看到教师在布置好合作学习的任务后，像局外人一样，置之不理，要不象征性地转一转，合作学习沦为一种“放羊式”教学。
“兴趣是最好的老师。”在教学中，教师应对教学环节、方法及内容进行精心设计，力争将学生的兴趣调动起来，生物是以实验为基础的课程，现在的生物教材实验，为合作学习提供了良好的实施环境，因此，合作学习是适合于生物教学一种较好的策略。例如，在做“叶绿体的分离试验中”要求学生仔细观察滤纸条上的颜色变化及出现的先后顺序，待结果出来后，有的学生会好奇地问怎么不同时出现，这是怎么回事？这时学生的情绪很快调动起来，并相互讨论积极寻找原因，最后得出结论：不同的色素在层析液中的扩散速度不同，激发起学生学习生物学的兴趣。
课堂上多组织学生讨论，例如：在讲到光合作用时，提出问题让学生讨论：“要想提高大棚农作物的产量，我们应采取哪些措施呢？”这样的问题充分调动学生积极性，有的说增加光照强度，有的说增加CO2浓度，有的说提高白天的温度，有的说合理密植，真正地将理论和实际联系起来。
在课程改革新形势下，再沿老的教学方法不能完全适应新的教学需要，所以合作学习作为一种教学理论，能够培养学生以合作学习为核心宗旨，培养他们的合作能力，语言表达能力，增强群体意识，提高教学效率。
